Trafikselskabet ledes af en bestyrelse på højst 9 medlemmer. Medlemmerne udpeges af henholdsvis regionsrådet og kommunalbestyrelserne inden for trafikselskabets område. Transport-, bygnings- og boligministeren kan i særlige tilfælde tillade, at antallet af bestyrelsesmedlemmer overstiger 9, dog således at antallet af bestyrelsesmedlemmer altid er et ulige antal.
Regionsrådet udpeger blandt rådets medlemmer 2 medlemmer til bestyrelsen. For trafikselskabet på Sjælland udpeger regionsrådet for Region Hovedstaden og regionsrådet for Regions Sjælland hver 1 medlem til bestyrelsen blandt rådets medlemmer. For trafikselskaber, der omfatter kommuner i 2 regioner, udpeger de 2 regionsråd hver et medlem til bestyrelsen blandt rådets medlemmer. Transport-, bygnings- og boligministeren kan i særlige tilfælde tillade, at antallet af regionsrådsmedlemmer i trafikselskabernes bestyrelser overstiger 2. Regionsrådsmedlemmerne må dog ikke udgøre et flertal af bestyrelsen.
Kommunalbestyrelsen i de deltagende kommuner vælger et repræsentantskab for trafikselskabet, der består af 1 medlem fra hver af de deltagende kommuners kommunalbestyrelser. Den kommune, der yder det største årlige tilskud til trafikselskabets finansiering, har ret til en plads i trafikselskabets bestyrelse. De resterende medlemmer af repræsentantskabet udpeger de øvrige kommunale medlemmer af trafikselskabets bestyrelse ved forholdstalsvalg efter reglen i styrelseslovens § 24, stk. 3.
For hvert bestyrelsesmedlem vælges 1 suppleant.
Trafikselskabet fastsætter selskabets vedtægter, som skal godkendes af repræsentantskabet og de berørte regionsråd og derefter af transport-, bygnings- og boligministeren og Økonomi- og Indenrigsministeren. Standardvedtægter for trafikselskaberne fremgår af bekendtgørelse nr. 1048 af 13. august 2018 om vedtægter for organisering af trafikselskaber (standardvedtægt).